Evaluation of protein sequence classification patterns

1155 visningar
uppladdat: 2002-01-01
Inactive member

Inactive member

Nedanstående innehåll är skapat av Mimers Brunns besökare. Kommentera arbete
Classification of protein sequence is one of the foundations of bioinformatics, as new proteins are sequenced every day. Each protein sequence represents a protein of a certain family and its function can sometimes be predicted through sequence classification. Today several approaches exist for sequence classification, and in this work pattern approaches are considered. A pattern is an expression, representing a certain protein family, which corresponding protein sequences hopefully match. PROSITE is a pattern collection that well known in the area of bioinformatics and therefore plays an important part in this project together with the MAMA pattern collection. Evaluation of patterns today focus on accuracy, i.e. sensitivity and specificity, but in this thesis information content is also considered. The intended experiment which was about discovering any relationship between accuracy and information content showed that no clear connection was found. This fact led to the conclusion that information content might not be suitable as an evaluation measure when evaluating patterns. The second experiment concerned the fact that sometimes the same sequences are used both during training and testing, which probably gives misleadingly high accuracy values. This fact gave birth to the idea that an independent test set other than the training set reduces accuracy values, which was revealed after a number of tests. Finally the last experiment, which was about...

...läs fortsättningen genom att logga in dig.

Medlemskap krävs

För att komma åt allt innehåll på Mimers Brunn måste du vara medlem och inloggad.
Kontot skapar du endast via facebook.

Källor för arbetet

Saknas

Kommentera arbetet: Evaluation of protein sequence classification patterns

 
Tack för din kommentar! Ladda om sidan för att se den. ×
Det verkar som att du glömde skriva något ×
Du måste vara inloggad för att kunna kommentera. ×
Något verkar ha gått fel med din kommentar, försök igen! ×

Kommentarer på arbetet

Inga kommentarer än :(

Källhänvisning

Inactive member [2002-01-01]   Evaluation of protein sequence classification patterns
Mimers Brunn [Online]. https://mimersbrunn.se/article?id=43527 [2022-12-09]

Rapportera det här arbetet

Är det något du ogillar med arbetet? Rapportera
Vad är problemet?



Mimers Brunns personal granskar flaggade arbeten kontinuerligt för att upptäcka om något strider mot riktlinjerna för webbplatsen. Arbeten som inte följer riktlinjerna tas bort och upprepade överträdelser kan leda till att användarens konto avslutas.
Din rapportering har mottagits, tack så mycket. ×
Du måste vara inloggad för att kunna rapportera arbeten. ×
Något verkar ha gått fel med din rapportering, försök igen. ×
Det verkar som om du har glömt något att specificera ×
Du har redan rapporterat det här arbetet. Vi gör vårt bästa för att så snabbt som möjligt granska arbetet. ×